限硫令生效后，预计大多数船舶将使用含硫量低于0.50%的馏分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。提前预约船舶坞期，并应考虑船坞繁忙可能存在的压港现象；慎重安排船员自行清洗，应考虑到船员人手不足、疲劳、通风不足和安全问题。形成含有沉淀物和沥青质污泥的半固态物质层，还会沉淀在燃油管路及沉淀柜和日用柜中。
冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞彻底检查和清洗，短期内安排全球所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。
船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。目前大多数船舶使用的仍是高粘度高硫燃料油(HSFO)，此类燃料油会粘附在油舱内壁上，非常难清洁。提前预约船舶坞期，并应考虑船坞繁忙可能存在的压港现象；慎重安排船员自行清洗，应考虑到船员人手不足、疲劳、通风不足和安全问题。
清洗过程中也可以同时检查油舱结构、加热系统以及进行压力测试等。船东需要考虑使用其他的替代方法进行燃油舱和管路的清洗。目前除了进船坞清洗外，还有在营运期间清洗及使用添加剂进行清洗两种办法。一些航运公司在更换使用燃油舱之前会使用化学添加剂进行清洗。实践证明，这是减少清洗油舱非常有效和经济的方式之一。
